Brama Wodna, zwana również Bramą Portową, była najmniejszą furtką wejściową prowadzącą do twierdzy. W początkowym okresie funkcjonowania twierdzy (ok. 1854-1868) kiedy istniał kanał łączący twierdzę z brzegiem jeziora Niegocin a na zewnątrz murów była niewielka przystań dla barek dowożących zaopatrzenie do twierdzy, Brama Wodna miała ułatwić komunikację pomiędzy tą przystanią a projektowanym portem na dziedzińcu (majdanie) twierdzy. Ostatecznie wybudowano jednak zaledwie 200-metrowy odcinek kanału wewnątrz zespołu twierdzy ułatwiający wyładunek zapasów przewożonych barkami bezpośrednio do komór i pomieszczeń spichrzy zbożowych. W 1868 roku brzegiem jeziora Niegocin przeprowadzono odcinek Wschodniopruskiej Kolei Południowej, której nasypy odcięły przystań zlokalizowaną pod murami twierdzy od jeziora. Około 1871 roku zlikwidowano resztki kanału łączącego twierdzę z jeziorem, podwyższono o 1,5 m teren dawnej przystani, poza twierdzą zlokalizowano zespół wojennych schronów amunicyjnych, od których doprowadzono nitkę kolejki wąskotorowej. W tym okresie czasu całą Bramę Wodną przemurowano, zmniejszono prześwity zewnętrzne oraz zainstalowano drewniany most zwodzony z przeciwwagami. Normalną pozycją położenia mostu była pozycja „w pionie”. W razie potrzeby opuszczenia mostu dwóch żołnierzy otwierało komory przeciwwag umieszczone po obu stronach przejazdu, a następnie za pomocą łańcuchów podnosiło końcówki przeciwwag do góry, jednocześnie opuszczając konstrukcję mostu w dół na położony poniżej mostu zbiornik z wodą. Po zablokowaniu mostu w pozycji poziomej można było wejść lub wyjść z terenu twierdzy. Brama funkcjonowała jedynie jako pomocniczy wjazd do twierdzy oraz jako droga zaopatrzeniowa dla piekarni i spichrzy zbożowych. Po zakończeniu przejścia lub przejazdu przez bramę, zwalniano blokady przeciwwag i przęsło wracało do swojej pierwotnej pozycji. Zastosowane nowatorskie rozwiązania i mechanizmy służące do podnoszenia i opuszczenia mostu drewnianego w zespole Bramy Wodnej twierdzy giżyckiej stosowano następnie w większości pruskich fortyfikacji II połowy XIX wieku.